Добрый день.
Создал архив ~/sourcearch1 и ~/sourcearch2, потом обновил ~/sourcearch2/file3 и сделал апдейт архива (u) и теперь вижу в листинге архива две версии file3:
[kagerro@cent1 ~]$ tar tvf arch.tar
drwxrwxr-x kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:15 sourcearch1/
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:15 sourcearch1/file1
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:15 sourcearch1/file2
drwxrwxr-x kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:16 sourcearch2/
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:16 sourcearch2/file3
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:16 sourcearch2/file4
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:50 file5
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 0 2019-03-24 21:54 sourcearch1/file6
-rw-rw-r-- kagerro/kagerro 11 2019-03-24 21:54 sourcearch2/file3
Если распаковать архив, то, конечно, файл file3 будет в одном экземпляре, но такой листинг архива это нормально? By-design, так сказать?