У меня есть измененный конфиг docker’a. При обновлении пакетов, конфиг докера меняется на дефолтный. Думаю, может есть какая-то система хуков в дебиане, чтобы если обновляется какой-то пакет, внутри хука выполнить команду(sed), чтобы зареплейсить строку конфига